《昭通学院学报》的前身是《昭通师范高等专科学校学报》，1979年10月创刊，是云南省同时建校的10所师专中最先创办的学报，也是全国同时建校的143所师专中出版较早的学报。创刊时原名《昭通师专》，为内部刊物， 1983年更名为《昭通师专学报》1998年7月经国家新闻出版署批准由内刊转为正式期刊公开发行，刊名更改为《昭通师范高等专科学校学报》，取得国内刊号（CN 53-1135/G4）和国际连续出版物刊号(ISSN 1008-9322)季末出版。2002年报经云南省新闻出版局批准，改为双月刊，逢双月末出刊。

2013年经中华人民共和国新闻出版总署新出审字[2013]231号;关于同意《昭通师范高等专科学校学报》更名为《昭通学院学报》及变更主办单位的批复，《昭通师范高等专科学校学报》正式更名为《昭通学院学报》，原刊号CN53-1135/G4作废，新编国内统一连续出版物号CN53-1225/G4。

《昭通学院学报》1990、1995年两次被评为云南省高校自然科学优秀学报；1999年被评为云南省高校优秀社会科学学报，并在全国高校社科学报评优活动中获质量进步奖；2002年获第二届全国高等学校社科学报优秀整体设计奖；《昭通作家作品研究》栏目获云南省期刊优秀栏目奖。2007年被评为全国地方高校优秀学报一等奖；《昭通作家作品研究》栏目被评为全国地方高校学报特色栏目。2009年在全国高校科技期刊"三优"评比活动中，我校学报荣获"编辑质量优秀期刊奖"；《地方文化研究》栏目获云南省期刊优秀栏目奖。2010年在中国人文社科学报学会第四届评优活动中，我校学报再次被评为全国优秀社科学报，本次评比，云南省共获18项奖励，我校学报获3项（全国高校优秀社科期刊奖，优秀编辑奖，优秀编辑学论文奖）是云南省获奖最多的学报之一；《乌蒙论坛》栏目被评为全国地方高校学报特色栏目。