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《北华大学学报(自然科学版)》2000年创刊，源于北华大学合校前的4家学报：《吉林师范学院学报（自然科学版）》(1983年创刊)、《吉林医学院学报》（1974年创刊）、《吉林林学院学报》（1985年创刊）和《吉林电气化高等专科学校学报》（1992年创刊），以反映与北华大学学科建设相关的学术研究成果为主，以培养人才、推介科研成果、服务社会为宗旨。我刊秉承“学术立刊，特色强刊”理念，坚持“兼容、推新、求精”的编辑出版方针。本刊设有数学、化学、材料科学、生物医学和基础医学、临床医学、药学、林业科学、电气工程、机械工程等相关栏目，其中设特色专栏“长白山资源与环境研究”，为唯一一家设有此研究专栏的学术期刊。

《北华大学学报（自然科学版）》在学界的学术影响力不断提升，期刊主要评价指标和综合评价指标已连续多年位于同类学术期刊的前列。2012年被国家科技部中国科技信息研究所收录为“中国科技核心期刊”（中国科技论文统计源期刊），2013年、2016年被中国科学研究评价中心评为“RCCSE中国核心学术期刊”，2014年被评为“中国高校特色科技期刊”，2016年被评为 “中国高校优秀科技期刊”。

《北华大学学报(自然科学版）》已加入德国《数学文摘》、美国《化学文摘》、英国《农业和生物科学研究中心文摘》、波兰《哥白尼索引》及美国《乌利希期刊指南》等多家国际和国内科技文献数据库。