《广东海洋大学学报》（双月刊）创刊于1975年，是学校主办的国内外公开发行的综合性学术理论刊物。其前身是《湛江水产学院学报》，，刊名为《水产与教育》，1980年更名为《湛江水产学院学报》，为不定期的内部交流的综合性学术刊物。1987年经广东省新闻出版局批准国内外公开出版发行，刊期为半年刊。1997年1月，湛江水产学院与湛江农业专科学校合并为湛江海洋大学，1997年6月，经国家科学技术委员会批准，原《湛江水产学院学报》更名为《湛江海洋大学学报》，刊期为季刊。2002年，为适应学校学科专业的发展，经广东省新闻出版局批准，学报由季刊改为双月刊。2007年起，学报更名为《广东海洋大学学报》。《广东海洋大学学报》第一、第三、第四、第六期为自然科学，第二、第五期为社会科学。自然科学主要刊登海洋与水产科学基础理论，海洋环境调查与保护，海洋、水产资源开发与利用，海洋渔业，渔船、渔业机械与仪器，水产增养殖技术，水产病害防治，水产品加工、贮运与综合利用等方面的学术论文。

《广东海洋大学学报》1992年获全国水产优秀报刊三等奖；1995年获全国高校自然科学优秀学报三等奖；1998年获全国水产优秀报刊二等奖；2008年获中国高校特色科技期刊奖；2009年获全国高校科技期刊优秀编辑质量奖；2010年获中国高校优秀科技期刊奖。