《南京大学学报（自然科学）》创刊于1955年1月，是建国以后创办最早的大学学报之一。其主要目标和任务是反映南京大学理科以及全国自然科学研究的最新成果，促进学科建设和人才培养，推动国内外学术交流，为我国现代化建设服务。学报以“广、严、快、活”为特色——报道内容广泛涵盖自然科学的各个方面，特别以地球科学、物理学和化学等方面的论文见长；对论文审稿和编辑严格从而保证论文具有生命力；论文出版周期短速度快；论文形式活泼多样，除正常栏目外，还设有特约述评、研究快报、简报、论坛等栏目。

《南京大学学报（自然科学）》创刊以来，学报发表了大量在国内外自然科学界产生了重大影响的论文，是在全国科技界具有广泛影响的自然科学核心刊物之一，也是国内最有影响的大学自然科学学报之一，在全国自然科学刊物被引频次和影响因子排名中，历年均居全国综合性自然科学刊物之前列。学报在国际上也有一定影响，固定收录《南京大学学报（自然科学）》的国外权威性数据库和文献杂志在4个以上，例如俄罗斯文摘杂志（PЖ）、美国数学评论（MR）、化学文摘（CA）和德国数学文摘（ZM）等。我刊曾被中国科学院文献情报中心评为学术影响范围最广的刊物之一（第16名），为全国高校刊物之冠，近年多次入选“百种中国杰出学术期刊”，是中国自然科学核心期刊。

《南京大学学报(哲学·人文科学·社会科学)》是人文社会科学综合性学术刊物。反映南京大学师生在社会科学各领域的科研成果，刊登哲学、政治学、经济学、法学、社会学、历史学、文学、语言学等方面的学术论文。读者对象为社会科学工作者、文科院校师生。有英文目次和摘要。继承《南京大学学报.哲学社会科学版》。

《南京大学学报(哲学·人文科学·社会科学)》收录情况：中文社会科学引文索引；社科基金资助期刊；国家哲学社会科学学术期刊数据库；北大核心期刊（2014版）；北大核心期刊（2011版）；中国人文社科核心期刊，获奖情况：第三届中国出版政府奖提名。

《南京大学学报(哲学·人文科学·社会科学)》栏目设置有：马克思主义与当代思潮、实践的现象学研究、当代中国经济法学研究、文化问题研究、民国研究、现代性与文学、学术随笔、编读往来。

《南京大学学报(数学半年刊)》是由南京大学主办，数学系承办的一份面向国内外发行的数学学术期刊。主要刊登数学各分支学科的最新科研成果和研究论文。读者对象为大学数学老师、数学研究工作者、数学爱好者、研究生和高年级学生以及其他方面的研究人员。

《南京大学学报(数学半年刊)》收录情况：美国《数学评论（网络版）》；德国《数学文摘》；日本《日本科学技术振兴机构数据库》。

《南京大学学报(数学半年刊)》主要栏目：正文、简报。